xDNA – rekombinering

Denne artikkelen er en fortsettelse av «X – Kromosonet – Arv«. Nedenfor er en visuell fremstilling av arvemønsteret til X kromosonet, og hvordan denne kan rekombineres. Bruker en forenklet fremstilling over 3 generasjoner. Per og Anne får 2 barn: Ole og Frida

Ole arver ikke X fra sin far Per, men hans Y. Fra mor arver Ole en rekombinasjon av hennes (Anne’s) 2 X’er.

Frida arver også en rekombinert X fra sin mor Anne, denne er ikke lik hennes bror’s. Fra sin far Per får hun også en X. Siden han bare har en X kan denne ikke rekombineres. Den kommer dermed egentlig fra hans mor uforandret. dvs Frida’s farmor.

Carl og Mona har ett barn av hvert kjønn, Morten og Susanne.

Hva skjer når Susanne og Ole får 2 barn, Lars og Lotte?

 

X-GEN ABGH

X – Kromosonet – Arv

Din uforutsigbare femine arv. X kromosonet oppfører seg litt anderledes enn de andre kromosonene. Dette kan utnyttes om du vet hvordan du skal bruke det.

Alle har en «X» – fra sin mor

Når du ble skapt, gav din mor deg en X  (i sitt egg). Eggene hennes blir lagd samtidig som hun utvikles som foster. Egget hennes er like gammelt som henne selv.

Far’s sædcelle bestemmer derfor kjønnet?

  • Gir han en .. får man -> som er
    • X -> XX -> ♀ (hunn)
    • Y -> XY -> ♂ (hann)

Noen mener at dette ikke er en ubetinget regel at det egentlig er far som bestemmer dette. Teorien går ut på at siden hans sperm må bryte igjennom hennes cellevegg og det er ikke helt klart hva som gjør at så mange mislykkes, mens den ene klarer dette. Kan noe hos mor være med å velge den perfekte sædcellen? Hun tar ikke til takke med hva som helst?

Det fysiske faktum er at en far kan aldri gi en X til en sønn (han hadde da vært en hunn) og kan aldri gi en Y til en datter (hun hadde da vært en hann) Forøvrig dannes fars sædceller først i puberten.

Rekobminasjon – forenklet

Rekombinering skjer bare når kjønnsceller oppstår, og bare hvis man har 2 like kromsoner (en fra far og en fra mor). Det som skjer er at man blander sine foreldres DNA før det sendes videre til neste generasjon. Dette skjer for å sikre et tilfeldig mangfold.

2 like kromosomer legger seg over hverandre. Lengre biter av dna-spiralen bytter plass med hverandre. NB Noen ganger skjer det ikke rekombinasjon på dette kromosonet. Normalt skjer rekombinasjon ca 50 ganger fordelt på 22(23) kromosoner. Man har derfor normalt 0,1 eller 2 rekombinasjoner pr kromoson.

Man starter med 2 kromosoner gitt av far og mor. Avkom ender opp å få en av de 2 kryssende kromonene (til høyre).

Hver av disse kromosomene havner i hver sin kjønnscelle, så du sitter igjen med den ene av disse, den andre som du kunne arvet men ikke fikk gikk til din «onde» tvilling.

Mine XY (kjønnskromoson) regler

  1. Mor gir alle barn alltid en X
  2. Far gir Y til sønner
  3. Far gir X til døtre
  4. Sønn kan aldri få X fra far (avledet av 2)
  5. Datter kan aldri få Y (avledet av 2)
  6. Fedre kan gi sin mors X videre til døtre (1+3)
  7. X kan arves mellom forskjellig kjønn (1+3)
  8. X arves aldri. gjennom 2 mannsledd (2)
  9. X arves mellom kvinneledd (1)
  10. Fars X går uforandret videre (rekombinering krever 2 like kromosoner)
  11. Fars Y går uforandret videre til sønn (Finnes bare 1 Y, kan dermed ikke rekombineres)
  12. X rekombineres ikke hos hunkjønn noen ganger, selv om man har XX
  13. X kan splittes opp saktere gjennom generasjoner spesielt om den går igjennom mannsledd. Derfor kan X inneholde identifiserbar DNA flere generasjoner lengre bak enn du er vant til ved vanlig sjekk av kromosomer
  14. Farfars X går aldri videre.
  15. Morfars X går videre til hans datter («din» mor)
  16. X dna kan brukes til å finne ut om halvsøstre har samme far, eller ikke. De vil alltid ha 100% match på x-dna, om de har samme far. Har de bare samme mor vil trolig ha rekombinert, dvs de deler ikke hele kromsonet. (NB! les pkt 12 pånytt)
  17. Helsøstre vil alltid ha 100% match på X. (pkt 10)
  18. Brødre med samme mor vil normalt alltid har forskjellig X fra henne.

Arvemønsteret til X kromosonet

Om noen matcher mine foreldre på x kromosonet. Hvordan løser vi dette? Ett praktisk eksempel fra min familie. Faktisk, kan vi bruke eliminasjonsmetoden, arvemønsteret må følge reglene ovenfor. Det bare noen få i deres anerekke som kan ha gitt dette videre. Nedenfor er er disse fargelagt. menn er blå, damer er røde

X-DNA arv (Mann)

Siden X ikke går gjennom 2 mannsledd forsvinner følgende: Ingen av min fars fars linje passer. Vekk med halve anetreet med engang. Hele hans farslinje (Rolf Holte) tas bort. Vekk med hans morfars fars linje (Emil Kristoffersen), og mormors fars fars linje (Andreas Pederson). Disse bidrar ikke: (oppsummert)

  • Far – Rolf Holte
  • Morfar’s far – Emil Kristoffersen
  • Mormor’s farfar – Andreas Pederson (Pärsson)

X-DNA arv (Kvinne)

Samme logikk som over for min mor, men hennes far er lik min far (en generasjon forskjøvet). Hennes mor er bare en gjentakelse av henne forskjøvet ett ledd. Følgende personer kan ikke ha bidratt, (og alle i anerekken over faller bort):

  • Farfar – Kasper Grøndalen
  • Morfarsfar (oldefar) – Paul Chr. Christoffersen
  • Mormors farfar (Tipoldefar) – Lars Jørgens Holst

Svigermors forbannelse/ hevn?

(Sviger)mødre bestemmer hvordan xDNA oppstår og arves. Dette vil sterkt påvirke avkom. Menn påvirker ikke X kromosomet under kjønnsdeling

Far’s X – eksakt kopi av den han fikk fra sin mor (ergo farmor lagde den) Mor’s X – Rekombinasjon av sin egen mor og hennes farmor

Døtre lager sine egg i mors liv, dermed kan man kanskje si at svigermor har forutbestemt hvilke egg dattera skal ha? (Mannens svigermor)

Som nevnt tidligere menn påvirker ikke xDNA. Kan man derfor si at dette er den ultimate hevnen fra kona’s svigermor, når hun bestemmer så mye over dette arvestoffet?

Hvorfor DNA teste de eldste?

Om man skal slektsforske med autosomalt DNA (atDNA) er det viktig å starte med de eldste i den grenen du jakter opplysninger på.

Man arver 50% av sine foreldrenes atDNA. Ergo blir 50% av deres arvestoff borte. Dine søsken arver en annen miks av dines foreldres DNA enn deg, så dette betyr ikke at 50% går tapt for generasjonene etterpå, men dine barn kan ikke arve mer av sine besteforeldre enn du selv har arvet (Unntak: Du får barn med nær slektning som også er nær slektning av en eller begge av dine foreldre/ besteforeldre etc).

Ved hjelp av 3 hele søsken kan man rekronstruere nært opp til 100% av begge foreldrenes dna, uten å fysisk teste disse. Man ikke arver eksakt 25% av hver av sine besteforeldrene, men totalen alltid være en 50% miks fra dine foreldres foreldre (50% av 50% = 25%)

Det er arvet DNA fra en felles stamfar/mor som gjør at du kan finne levende slektninger. Jo nærmere i slekt du er, jo mer delt DNA kan du finne. Etterkommere nedover mister DNA på veien. Derfor er det viktig å høste inn DNA fra de som er lengst opp i ditt anetre.

Det kan finnes andre strategier som tilsier at andre skal testes, men hovedregel blir alltid, høst DNA fra de «eldste» dva lengst opp i treet, før de forsvinner. De bærer med seg mer av din familie i seg enn du. Jo lengre du kommer opp i slekstreet jo lengre tilbake kan du derfor se. For hver generasjon du kan gå opp, jo lengre opp kan DNA rekke. En atDNA kan typisk se 5-7 generasjoner bakover. Med 3-4 generasjoner pr 100 år, vil dette gi et tilbake blikk i historien på mellom 200-240 år.

Lever din besteforeldre, test de. Har de også levende søsken, test gjerne de også. Detter er viktig fordi de har andre biter av din DNA forhistorie. Håper dette klarlegger hvorfor vi tester de «eldste». NB det er teknisk mulig å hente ut DNA fra konvolutter som dine forfedre har slikket på frimerke, eller den delen som lukker brevet, hårbørster kan ha hårstrå med røtter. Det er dyrere å hente DNA, men fullt mulig. På brev kan det være DNA fra andre enn den som har skrevet brevet, men ikke ofte. Feilkilden er ihvertfall større enn om du har en som tar testen i ditt åsyn.

Visuell fasing – DNA Painter

Med DNA Painter kan man visuelt tegne opp dine DNA treff. Disse kan senere hjelpe deg å bestemme hvor andre hører hjemme dersom disse ikke har ett slektstre å vise til.

Dette trenger du:

  • DNA treff som du vet hvor denne hører hjemme i ditt slektstre.
  • Liste over kromosomer som dere har felles (delte segmenter)
  • Konto hos DNA Painter (en profil er gratis) $30 for 6 mnd og $55 for 12 mnd.

Har man funnet ut av ett treff kan dette hjelpe deg videre med andre treff. Alle andre som passer i mellom*) vil enten være i slekt via samme anepar, eller lengre opp i ane rekka.

*) De fleste snubler her – Gitt at de matcher på samme segment (og ikke det samme område som motsatt foreldre har gitt deg).

Det finnes måter å finne ut av dette på, kalles triangulering. Om ABC matcher på samme segment, må de match hverandre innburdes også. A->B, A->C og B->C om ikke siste er tilfelle. Betyr dette: Siden du (A) har ett kromosonpar så kan B Match din morsside og C din farsside. Derfor vil ikke B og C matche hverandre. Hos ftDNA bruker man Matrix, MyHeritage har merker trangulerte på Kromosonleseren. Gedmatch har også verktøy for triangulering.

Overlappende segmenter kan bety at man har arvet disse fra felles forfedre. Alle andre som havner under dette delte segmentet kan derfor være i slekt med deg. Forutsatt at det er på samme segmentparet. (Som nevent overor har man alltid 2 ett kromoson fra fra og ett fra mor). år du ser på leverandørenes kromosonleserer må du være klar over at den bruker begge dine sider mot andre. Du kan ha segment treff som er overoptemistiske, hvor du har treff mot begge sider.

Pratisk eksempel

Først av alt, jeg har ikke DNA etter mine besteforeldre, men begge mine foreldre. Jeg kan enkelt fase miitt DNA i min mors bidrag og fars bidrag. (Enkelt eksempel på fasing). Utfordingen mange har er at de ikke har en forelder som er testet. Hvordan skal man da fase DNA’et. Dette et eksempel

Most Common Recent Ancestor

Siden jeg vet at dette treffet går via min mors mors linje kan jeg derfor fase de delte segmentene mellom min mor f. Grøndahl og herr Svendsen. Digresejon dette er det næremste treffet hun har utenom meg og hennes barnebarn. Denne personen er heller ikke på Gedmatch, eller ftDNA. Om jeg ikke hadde overført mine rådata til MyHeritage ville jeg trolig aldri funnet at han hadde tatt en DNA test.


Man laster ned delt segementer via kromosonleseren (øverst til høyre)

Fra før har en en tom profil opprettet for min mor. For å «male» dette treffet inn velger jeg å importere fila jeg lastet ned i bildet ovenfor.

  • Åpner nedlastet fil i notisblokk (eller excel), kopierer innhold
  • Åpne profil i DNA painter
  • Klikker på «Paint new match»
  • Lim inn innhold fra nedlastet fil
  • Klikk «Save match now»

Redigerer kjent ane. Bruker Prefiks MMF for Mor Mor’s Foreldre. Setter slektside (Maternal), og en lite notat hvor informasjonen kom fra

Jeg kunne ha valgt en annen fremgangsmåte. Import data direkte fra fil dette krever betalt medlemskap (noe som jeg har)

En annen gang skal jeg vise hvordan dette vil se ut med flere delte segementer og hva man kan lese ut av dette

Norwegian Gedmatch DNA Matching

Hvem av dine treff på Gedmatch er også på facebook?

Noe som kan gjøre det lettere å komme i kontakt med disse personene, og samarbeide videre. Det finnes flere slike grupper, de tar for seg en bestemt region eller land.  feks: 

Gruppene er internasjonale så skriv helst på engelsk. 

Før du starter må du ha overført data til Gedmatch, eller Gedmatch Genesis

Hva trenger du før du begynner?

  1. Smør tålmodighets muskelen. Du MÅ følge bruksanvisningen til punkt og prikke.
  2. Skaff deg Gedmatch konto, slik at du får en Gedmatch ID
  3. Google konto – Du trenger ikke gmail adresse, men må være registret hos Google slik at du får tilgang til å laste ned regnearket senere
  4. Du må ha PC eller Mac (Man kan ikke bruke nettbrett eller mobil)
    Nettleser som støttes er: Chrome, Firefox, Safari, Opera.
    • OBS OBS ikke Microsoft sin nettleser virker ikke
  5. Meld deg inn i facebook gruppa:  Norwegian Gedmatch DNA Matching

Fremgangsmåte:

  • Alt på listen ovenfor må være på plass. Har du ikke dette i orden – start forfra.
  • Finn frem din Gedmatch ID, og ditt facebook navn.
  • Svar på 3 spørsmål i spørreundersøkelse  – https://bit.ly/2IdjRdU
    1. Gedmatch/Gedmatch Genesis ID
    2. Ditt facebook navn
    3. Din status i gruppen (1. venter på godkjenning, 2. medlem fra før m nytt kit, 3. vet ikke)
  • Vent minst 24 timer, slik at info kan legges inn i databasen. NB Ha tålmodighet !
  • Logg på Gedmatch
    1. velg ‘One-to-Many’ matches
    2. vent til listen er ferdig generert. Det skal stå noe ala dette nederst under tabellen.
    3. Tast CTRL+A (for å velge alt på nettsiden), så CTRL+C for å kopiere (alt)
2000 matches (6000 – 2237 rows)Query time = 0.28 – Total Search time = 1.79 secondsMatches Excluded – Not Public: 228 – F1: 0 – No Link: 9 – Short Shared: 0 – Duplicate: 0

Fortsettelse: (Gjenta med jevne mellomrom)

  • Last ned regneark – (trykk på knapp – Lag kopi) https://docs.google.com/spreadsheets/d/1tUzJ72JK5NkKRaRWMDAm10VU3FAq4G-l3or8_GvuHhU/copy
  • Etter at regnearket har åpnet seg (du ser ett bilde). Før du gjøre noe som helst, lim inn data fra Gedmatch med å taste CTRL+V.  NB NB Viktig at du ikke klikker i regnearket før du gjør dette.
  • Vent 5-10 min
  • Når data dukker opp i regnearket gå til fane “Matches”. (Statuslinje øverst til høyre vil vise seg)
  • Ta skjermbilde – helst utsnitt av ny treffliste
  • Del bilde i – Norwegian Gedmatch DNA Matching –  “Tag” medlemmene som dukker opp

Gjenta fremgangsmåte «Fortsettelse» med jevne mellomrom (Månedlig/kvartalsvis)

“Check your Data” 

  • En test du kan kjøre i regnearket, for å se om du kan starte.
  • Legg inn din Gedmacth ID, ditt navn bør dukke under, dersom ikke.
  • Ventet du 24t under punkt fjerde kulepunkt?
  • Du må også vente med å laste ned regnearket til du er lagt inn i databasen. Du kan ikke vente 24 t og bruke regnearket pånytt. Du må vente med å hente kopi, som har deg innlagt

Dette dokumentet på Google disk

Klyngetriks i FamilyTreeDNA

Dine DNA-treff kan hjelpe deg, om du vet hvordan å bruke de. Ved å ha ett bevisst forhold til hvem av dine treff du har lenket inn i ditt tre kan du la disse jobbe for deg. Denne artikkelen viser noen tips i denne sammenheng. 

Dette er utdyping av en åpenbaring jeg nevnte på  Facebook Gruppen – «Norway DNA – Norges prosjektet FTDNA» 

Bakgrunn: Jeg hadde slurvet med oppfølging av min mors DNA treff på FamilyTreeDNA (ftDNA), og tenkte jeg skulle gjøre noe med det. Tanken var at siden jeg lekt litt med DNA Painter (DP), skulle jeg legge alle de treffene jeg hadde «løst» inn i DP. På min mors profil i ftDNA var det bare 1 person utenom min sønn og meg, som var lenket. Han er en firmenning (3C-third cousin). Hun har også treff på MyHeritage, og der hadde hun 2 jeg hadde funnet ut av. (Tremenning – 2C og 2C1R) 

Plukket først ut firmenning treffet i ftDNA, og skulle legge bare den inn, men startet på nytt fordi jeg fikk spørsmål om hvilken side kromosomene tilhørte. ftDNA har jo røde damer og blå menn. Tenkte derfor «hva om jeg legger inn alle som er faset på ftDNA?»

Treffene er anonymisert. Siden få personopplysninger avsløres kunne dette stått usladdet

Bare 18 personer er faset hos min mor, og bare på hennes mor’s side (Paternal=0, Maternal=18). Tenkte ikke noe videre på dette først, men dette er en del av observasjonen som følger

Siden DNA painter spør om hvilken side data kommer fra, tenkte jeg det er kjempesmart å plukke alle disse, og sette de på hennes morsside. Fordi poenget for meg er å se hvem andre som matcher oss, utelater derfor oss min sønn og meg, når jeg skal se videre på segmenter.

Via kromosonleseren får man tak i segmentene til DNA Painter
Man kan velge maks 7 personer

I kromosonleseren til ftDNA kan man filtrere på «maternal side» (morssiden). Prøvde å laste ned alle 18(-2) i utvalget, men fant ikke noen enkel måte å gjøre dette på. «Download all segments» er absolutt alle, uansett hvilken avgrensning man gjør på siden. Måtte derfor ta 7 og 7 om gangen (og tilslutt 2). se bilde under

Lastet ned segmentene til disse 14 til PC’en. DNA Painter har nå en funksjon å laste inn mange segmenter fra flere i en jafs. (Masse import). Hadde 3 filer, Det ble derfor 3 grupper i DP. Senere slo jeg sammen disse 3 gruppene til en gruppe, som jeg kalte «ftDNA Maternal Matches Runa Holte»

«Import data» takler segmenter fra 1 fil med flere personer i en jafs
Justerte segment nivå, før jeg valgte fil, og trykket import
View Group: Herfra kan jeg slå sammen grupper

I ftDNA listen dukket ett navn opp, men det var ikke noe tre. Mente jeg hadde sett dette navnet før, og kikket på MyHeritage. Digresjon: dette var ett hendig uhell, min mor har en tremenning med samme fornavn, men annet etternavn. Men fant også denne personen hos MyHeritage. Etter å ha sjekket smart match’ene,  fant jeg veldig raskt ut hvem felles ane var; samme anepar som jeg først jobbet med. Treffet blir mao firmenning forskjøvet ett ledd.

Sakte begynte ting å falle på plass for meg.

En lenket person, gav meg følgende:

ftDNA plukker ikke vilkårlig ut og faser hvem som tilhører hvilken side. Alle som match’er gitte kriterier, blir faset. De er alle antagelig i slekt (IBS – Identified by state). Med bare 1 person lenket vil andre som faser, tilhøre samme familieklynge (cluster). Alle tilhører samme samme slektslinje min mors tippoldeforeldre ligger på. Min (mors) mors mors fars foreldre. Dette vil være informasjon som en match trenger for å finne ut av ting på sin side, eller du trenger om du gjør mer slektsforskning på egenhånd.

OBS! Det er en sjanse for feil/avvik når man sammenligner data. Senere funn kan plukke noen ut av din familieklynge siden. Disse tilfeldige treff kalles (IBC – Identified by chance). 

Om jeg bare legger til folk i treet som tilhører denne gruppen vil jeg kunne finne flere biter av felles denne gruppens felles dna pool. Ved å være bevisst på hvem man har koblet inn i treet har man en enkel måte å klynge slekt på. «Fattigmanns klynge verktøy», bruk 1 lenket person til å bygge denne personens familieklynge.

Lenker man til flere personer, vil dette kunne endre hvem som faser. De på samme side, vil bidra til å avdekke opp hvilke segmenter min mor har fått på den siden. DNA Painter visualiserer hvilke områder som blir avdekket. På den måten kan jeg vite hvilke mer om hvordan hennes dna er faset. Noe som igjen kan brukes til å rekonstruere biter av forefedres dna. Målet er å dele alt DNA inn ente far og mors side.

Verdt å merke seg:

Om du lenker ikke flere matcher, vil du etterhvert se at noen blir lilla. Dette er personer som kan være i slekt med både din mor og far. Disse bør du ikke bruke når du kartlegge videre. 

Bruker man alle i trefflisten i DNA Painter, men ikke de som er nære (kutt de med mer enn 1500 centimorgen), ser man hvor stor grad det teoretisk er mulig å fase/rekonstruere dna. Det vil alltid komme flere til, jo flere som tester seg jo bedre dekning kan man få.

Alle mine mors ftDNA treff. Bilde viser potensielet for å visuelt kartlegge hennes dna